L'indication première est la souffrance d'une famille, au même titre que dans une thérapie individuelle où l'indication est la souffrance de l'individu. Celle-ci est généralement liée à la modification de la composition familiale, sa réorganisation, des relations conflictuelles ou encore des comportements de l'un des membres. Parmi ces facteurs on peut citer : une naissance, un deuil, un divorce, un départ... Concernant les comportements générateurs de souffrance, on peut retrouver la consommation de drogues, clés conduites suicidaires, l'anorexie, la violence, l'agressivité, décrochage scolaire ...
